Enstitümüzün temel hedefleri, geçmişte ve günümüzde soykırım ve insanlığa karşı işlenen suçlara yönelik araştırmalar yapmak, halen yürütülen faaliyetlerin daha da etkinleştirilmesini ve geliştirilmesini sağlamak, bu konuda çalışmalar yapan kişi ve kuruluşlara destek vermek, ulaşılan sonuçları ulusal ve uluslararası kamuoyu ile paylaşmaktır.

Bugüne kadar gerçekleştirilmiş soykırımların, insanlığa karşı işlenen suçların ve insanlığın şiddete maruz kaldığı uluslararası hukukun diğer ağır ihlallerinin çoğunlukla Batı merkezli kurumların ve düşünce anlayışının hakim olduğu, sınırlı ve öznel bir bakış açısıyla incelenmesinin, yapıcı çözüm imkânlarını sınırladığı görülmüştür. Uluslararası toplumun acil çözüm bekleyen ortak sorunları, tüm dünya milletlerinin insanlığın yarınına hizmet edecek tarihi, coğrafi, düşünsel ve kültürel birikimlerinden yararlanmayı, diğer bir deyişle çok sesli bir yapıda her bir toplumun sesinin tek tek duyulmasını gerektirir.

Ekonomik kalkınmışlık seviyesi yeterli olmadığından uluslararası sisteme hakim yapılardan dışlanan uluslar ve toplumlar seslerini duyurmakta güçlük duymaktadır. Bu durum da, ağır insan hakkı ihlâlleri ile çok daha fazla karşılaşan bu tür toplumların gereğince temsil edilmediği yapılar tarafından, ağırlıklı olarak teorik bakış açısıyla getirilen çözümlerin, gerçeklik ve işlevsellik bakımından zaman içinde daha fazla sorgulanmasına sebep olmuştur. Nitekim mevcut durumda varlığını sürdüren sistem, yapı ve düşünce üretimi, çözümsüz kalan uluslararası sorunların giderek derinleşmesi karşısında uzunca süredir yoğun eleştirilere maruz kalmaktadır. İnsanlığın ortak yararını gözeten adil bir dünya düzeni için, öncelikle belirli toplum ya da toplulukların kendi değerler ve öncelikler sistemini dünyanın tümüne egemen kılma gayretlerinin ürünü olan yapıların yeniden sorgulanması gerekir. Özellikle sosyal bilimler alanında tüm insanlığı ilgilendiren ortak sorunlar ve zorlu konular ele alınırken, bilginin belirli toplumları dışlayıcı değil kapsayıcı ve kucaklayıcı yapılar içerisinde, çok sesli bir ortamda üretilmesi gerekir. Gelecek nesiller için nefret, çözümsüzlük, ayrışma ve çatışma yerine barış ve dostluk tohumlarının filizlenmesi de ancak bu şekilde mümkün olabilecektir. İnsanlığın barış ve adalete dayanan bir gelecek inşasına hizmet etmeyi amaç edinen Enstitümüz, bu düşünceden hareketle hiçbir ırksal, dini, ideolojik, siyasi ya da iktisadi tercih veya önyargı gözetmeksizin çözüm üretmek amacıyla ilgili sorunlara odaklanmanın ve halihazırdaki sisteme ait düşünce üretiminin kurduğu hakim yapılar ve teorik çerçeveler karşısında tüm dünyayı kucaklayan ortak bir anlayış inşa edilmesinin zaruretine inanmaktadır. Geçmişte ve günümüzde baskı ve zulme maruz kalan, hakikati dile getirmesine izin verilmeksizin sesi bastırılmış olan tüm mağdur kişilerin, grupların ve ulusların hakları teslim edilmeden, mevcut sorunlara çözüm bulunması ve adil bir uluslararası düzen inşa edilmesi mümkün değildir.

Bir bütün olarak uluslararası toplumu ilgilendiren tüm sorunlarda olduğu gibi, soykırım, insanlığa karşı işlenen suçlar ve uluslararası hukukun diğer ağır ihlallerinin de evrensel ve bütüncül bir yaklaşım ile çok disiplinli olarak ele alınması gerekir. Bununla birlikte bugüne değin uluslararası hakim sistemi yansıtan anlayış ile yürütülen çalışmaların ve politikaların ortaya koyduğu şey, evrensellikten ziyade sorunların Üçüncü Dünya ülkelerine, mazlum halklara ve sesini yükseltmesine izin verilmeyen toplum ve topluluklara zarar veren seçicilikte karakterize edilmesidir.